提起731部隊，後世的中國人通過大量事實資料對它有了較深刻的認知，凡是思維正常的中國人無不咬牙切齒痛恨這支比惡魔還要兇殘的鬼子部隊，但在此時此刻卻很少有人知道這樣一支魔鬼部隊的存在。
731部隊是侵華日軍關東軍防疫給水部，對外稱石井部隊。位於哈爾濱市平房區。731部隊是從事生物戰細菌戰研究和人體試驗相關研究的祕密軍事醫療部隊的代稱。
實際上731部隊不算一支完整的部隊，它的全稱是關東軍659部隊，其設於哈爾濱平房區的本部稱731部隊。
這個細菌殺人工廠1939年建成，以“731”駐地爲中心，東至後二道溝，南至韓家店，西至正黃旗三屯、正黃旗四屯，北至新五屯的方圓32平方公裏的地方劃爲特別軍事區域。爲保密，規定“乙號地段內，禁止建築二層以上的新房屋”，“民用航空飛機不得飛越這個地段”等一系列保密措施。
731部隊分爲8個部和4個支隊：
第一部：在活體試驗者身上研究淋巴腺鼠疫，霍亂，炭疽病，傷寒，肺結核。下屬一個容納300人左右人的監獄，部長菊地齊軍醫少將。
第二部：研究生物武器的在戰場上的使用，特別是在傳播細菌和寄生蟲的設備的研究方面。部長太田澄大佐。下設一個分部，下屬一個航空班和在鞠家窯的安達特別實驗場
第三部：生產容納生物戰劑的炮彈，駐紮在哈爾濱。部長江口中佐，下設兩個工廠，主要是陶瓷彈殼製造廠，用於生產“石井式”陶瓷細菌彈。還有一個運輸班。
第四部：生產各種生物戰劑，部長川島清少將。下設4課進行各證細菌的生產。
第五部：訓練教育部，部長園田太郎大佐，後由西俊英軍醫中佐接任。負責培訓從事細菌武器，細菌戰的人才。
第六部：裝備部，部長大谷少將。 負責器材，設備的供應。
第七部：診療部，部長永山大佐。負責細菌感染的預防和日本人的醫療。
第八部：總務部，部長中留金藏中佐，後由太田澄軍醫大佐兼任。負責整個部隊的財務管理、生產計劃、人事分配。
162部隊（林口支隊）：設於林口縣，支隊長西俊英軍醫中佐，後由榊原秀夫軍醫少佐接任。
643部隊（海林支隊）：設於海林鎮，支隊長尾上正男軍醫少佐。
673部隊（孫吳支隊）：設於黑河市孫吳縣，支隊長西俊英軍醫中佐。
543部隊（海拉爾支隊）：設於海拉爾市，支隊長加藤恆則軍醫少佐。
319部隊（大連細菌研究所）：設於大連市，1939年劃歸731部隊
在細菌研究、生產和試驗的中心區域，設立了兩道防線：第一道防線是高達三米的高牆，高牆上架設高壓電網，牆外設置防護壕。在圍牆四周設立東、南、西、北衛兵所。南門只允許731部隊本部人員出入使用。沿着圍牆有日本軍人巡邏，在動力班大煙囪、給水塔和“方型樓”的南北制高點設立瞭望監視哨。第二道防線，設在“方型樓”的四周，圈有土牆。這裏是細菌研究、生產和試驗的中心場所。在主樓兩側的空場上，設有兩處祕密監獄，關押着被試驗的人。
731部隊1940年全面投產，工廠擁有雄厚的細菌生產設備。有孵育器4500具；有容量1噸的製造培養液的鍋爐4個和容量2噸的製造培養液鍋爐兩個；有培養器1800具；營養液消毒器30具，有整溫器5具，有培養液冷卻室兩個，這個細菌工廠每一個生產週期就可生產300億具有中等繁殖能力的微生物。由於細菌產量大，只好用公分來計算細菌團的體積，或者用公斤計算細菌的重量了。據原731部隊隊員的測算，這個細菌工廠每月可生產鼠疫菌300公斤，或者生產炭疽菌500到700公斤，或者生產傷寒菌**百公斤，或者生產霍亂菌1000公斤。
1941年6月22日以後，日軍參謀總長要求加緊準備細菌戰爭，從此以後，731部隊更加繁忙了，晝夜開動機器，使各種細菌產量累累增加。隨着細菌產量的上升，本部和各支隊培殖老鼠、跳蚤等媒介物的計劃也隨之加碼。儘管這樣，還感到媒介物不足，於是在本部和各支隊附近，向中國老百姓攤派上繳黃鼠的任務。
“731”成細菌殺人魔窟
日本軍國主義者開始在動物上進行細菌試驗。後來，爲了取得直接的效果，便慘無人道地把人作爲細菌試驗的材料了。關押在祕密監獄中的中國人、前蘇聯人、蒙古人、朝鮮人被稱做“木頭”，這個名詞意味着可以被任意宰割。
專門從事鼠疫研究的“高橋班”軍醫，經常把在押的人員關在一間透明的隔離室裏，往被試驗人員身上注射鼠菌液，並通過觀察孔觀察“木頭”的病變情形。數小時以後，這些被試驗的人員淋巴腺紅腫，面部和胸部變成紫黑色，皮膚呈現暗淡粉紅色
“吉村班”是專門研究凍傷的。他們把被試驗的人押到嚴寒的露天廣場，迫使在押人員把手、腳插進冷水桶裏，然後抽出手、腳進行冷凍，一定時間後，試驗人員用棒子敲打。被試驗人的手、腳如果有知覺，還得繼續冷凍。這是第一步，要求研究出在什麼氣溫下、多長時間可以造成凍傷。待手、腳麻木後，便押進暖房裏，開始進行第二步的五花八門的試驗：有時迫使被試驗的人分別把手、腳立即插進不同溫度的水裏，主要研究造成凍傷後在不同溫度條件下的變化。第二步主要研究對凍傷的預防和治療。有時在凍傷處塗治凍傷藥膏，有時在凍傷處塗上帶菌的藥膏，有時不予治療。這樣凍傷後的變化就不同了，輕者造成殘疾，重者久治不愈免不了死亡。
731部隊的試驗者們，還通過解剖活人進行病理研究；在女“犯人”身上進行梅毒試驗；用動物血和人血交換注射的試驗；把人頭朝下吊起來的倒控試驗；對人進行低壓或真空的試驗；把人胃切除，腸子和食道直接縫合的試驗；把人胳膊鋸下，左右肢交換接肢試驗等等。
據細菌戰犯川島清在遠東軍事法庭上供認：“爲了研究各種治療方法，對已傳染的人加以治療，給他們飯喫，等身體恢復時，又讓他們做另一種試驗。無論如何，從來沒有一個人活着走出這個殺人工廠。
1943年末，731部隊把在押的10名中國人用飛機押送到安達特別試驗場。把人綁在間距5米遠的樁子上，用飛機投擲“石井式”細菌炸彈。這些人被彈片炸傷後染上炭疽菌，不久全部死亡。1945年1月，又改用電流引爆細菌彈的辦法，對綁在間距10米到20米的樁子上的中國人進行鼠疫菌傳染試驗，這些人受了幾天的折磨而最終死去。
據川島清供認：“1940年到1945年8月，通過這個工廠，因感染致命菌而死亡的至少有3000人。至於1940年以前死亡的人有多少，那我就不知道了。”
1945年7月下旬，前蘇聯反德國法西斯的戰爭取得決定性的勝利，731部隊爲消滅罪證，機密資料一連燒了半個月。
當時，731部隊監獄裏還押着四五百名中國人。爲了滅跡，8月9日開啓毒氣，在押人員均中毒身亡。有的囚室在押人員提前衝出牢門，被日本機槍全部打死。屍體被澆上汽油焚燒，隨後屍骨埋在已挖好的8個大坑裏。解放後，發現了3處埋屍骨的大坑。據偉建機器廠建築工人證實，1949年和1958年在建樓挖地基時，曾發現有成堆的人骨頭，僅在一處挖出的人骨頭就裝滿了3輛大汽車。
1945年8月10日，731部隊對細菌工廠的建築物進行爆破性的破壞。8月14日把細菌工廠炸燬，同時把染有鼠疫菌的老鼠全部放出。到了1946年秋，在義發源、後二道溝、東井子等村屯，引發了鼠疫的傳染。
731部隊臨滅亡前還喪心病狂的進行了最後一次垂死掙扎，它的惡毒實在是不能用語言來描述。
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